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Die Geschichte des Fachs führt bis in die Zeit der Gründung der Universität Zürich am 1. Mai 1833 zurück. Eine detaillierte Untersuchung für die Periode bis 1939 publizierte Adolf Reinle (Kunstwissenschaft an Schweizer Hochschulen. 1. Die Lehrstühle der Universitäten in Basel, Bern, Freiburg und Zürich von den Anfängen bis 1940, in: Jahrbuch des Schweizerischen Institutes für Kunstwissenschaft, 1972/73, Zürich 1976, S. 71–88).
Seit 1870 wird an der Universität Zürich Kunstgeschichte gelehrt. In jenem Jahr wurden Friedrich Salomon Vögelin und Johann Rudolf Rahn als Extraordinarien berufen; während sich Vögelin hauptsächlich der Kulturgeschichte zuwandte, beschäftigte sich Rahn vor allem mit Architektur und mit Denkmal-Inventarisation in der Schweiz. Rahn, der die Professur über 40 Jahre – von 1870 bis 1912 – innehatte, wurde zum Begründer der 'Zürcher Schule', die die werktreue, auf Sachlichkeit ausgerichtete Kunstwissenschaft zum Ziel hatte. In den Folgejahren wurde der Lehrkörper sukzessive vergrössert und damit zusammenhängend die Lehrgebiete massiv erweitert. Heute ist das Kunsthistorische Institut der UZH nicht nur das grösste seiner Art der Schweiz, sondern zählt auch im gesamten deutschsprachigen Bereich zu den grössten kunsthistorischen Universitätsinstituten.
Die Nachfolge Rahns trat sein Schüler Joseph Zemp (1913–28) an. Er setzte Rahns Linie fort. Auch Konrad Escher, Professor von 1928 bis 1942, gehörte als Schüler Rahns noch der objektnahen Kunstwissenschaft an. Neben ihm lehrte Heinrich Wölfflin, aus Deutschland zurückberufen, als Ordinarius ad personam von 1924 bis 1934. Gotthard Jedlicka, Extraordinarius 1939, erhielt das Ordinariat für Kunstgeschichte im Jahr 1945. Mit Emil Maurer (1967-1982) und Adolf Reinle (seit 1965) setzte dann, nach Jedlickas Tod im Jahr 1965, eine neue Phase der Kunstgeschichtsschreibung ein.
1893/1894 wurde das Universitätsgebäude an der Rämistrasse 73 von Otto Weber, einem Schüler Gottfried Sempers, errichtet. Auf diesem Areal der ehemaligen Schanzen diente der Bau bis 1953 als Augenklinik. Nachdem die Klinik in das heutige Universitätsspital integriert wurde, brachte man nach geringfügigen Änderungen der Innenräume das Archäologische Institut und seine Sammlung sowie das Kunstgeschichtliche Seminar im Gebäude unter.